Der Anlaß für den Bau einer Kläranlage in Bad Zwischenahn war im Jahre 1953 der Bau eines Militärkrankenhauses durch die englische Besatzungsmacht in Rostrup. Im Süd-Westen des Ortes Bad Zwischenahn, direkt an der Aue, wurde eine mechanisch-biologische Kläranlage mit einer Aufbereitungskapazität für 6000 Einwohner-gleichwerte gebaut. Gleichzeitig wurden die ersten Abwasserleitungen von Rostrup zur Kläranlage verlegt. In den Folgejahren wurde das Kanalnetz kontinuierlich ausgebaut.
Im Jahre 1965 wurde in Ofen ein Nebenklärwerk gebaut, 1967 in Petersfehn. Diese Klärwerke wurden im Jahr 1977 bzw. im Jahr 1979 wieder außer Betrieb genommen. Die Aufbereitungsleistung und -kapazität dieser Kläranlagen genügte nicht mehr den Anforderungen. Die Stadt Oldenburg verpflichtete sich vertraglich, das Abwasser aus diesen Gebieten abzunehmen und aufzubereiten.
In Folge der regen Bautätigkeit in der Gemeinde Bad Zwischenahn in den sechziger Jahren und auch durch Anschluß neuer Gebiete reichte die Kapazität der Kläranlage Bad Zwischenahn nicht mehr aus. Im Jahre 1970 wurde die Kläranlage auf eine Kapazität von rund 25.000 Einwohnergleichwerte erweitert.
In den Jahren 1971 bis 1974 wurde ein Ringkanal für Abwasser um das Zwischenahner Meer gebaut. Grund war, „eine hygienisch ausreichende Beschaffenheit des Wassers des Zwischenahner Meeres zu gewährleisten und sicherzustellen“.
Nach einem Ausbaustufenplan wurden ab 1987 weitere Siedlungsgebiete in den Bauerschaften der Gemeinde an die Kanalisation angeschlossen. Die Maßnahmen wurden 1998 abgeschlossen. Jetzt sind über 90 % der Hausgrundstücke an die zentrale Abwasserbeseitigung angeschlossen. Die Zahl der Hausanschlüsse beträgt rund 7600, die über rd. 219 km Kanalleitung entsorgt werden. Die Abwasserbeseitigungspflicht für die übrigen Hausgrundstücke wurde durch Satzung auf die Nutzungsberechtigten der Grundstücke übertragen.
In den Jahren 1999/2000 wurde die Kläranlage Bad Zwischenahn auf eine Kapazität von 41.000 Einwohnergleichwerten erweitert. Am 31.12.2000 erfolgte die offizielle Inbetriebnahme der Anlage. Die Aufbereitungsleistung der neuen Anlage ist gegenüber der alten Anlage erheblich verbessert. So dient diese Maßnahme nicht nur der Entsorgungssicherheit sondern auch dem Umweltschutz.
Zur Entwässerung des auf der Kläranlage Bad Zwischenahn anfallenden Klärschlamms wurde eine Klärschlammvererdungsanlage gebaut. Die Inbetriebnahme erfolgte Im Herbst 2005.
Im Jahr 2006 wurde auf der Kläranlage ein neues Vorklärbecken errichtet.
Weiterhin wurde im Jahr 2013 ein neuer Faulturm und ein Blockheizkraftwerk in Betrieb genommen.